飛行機には利点の多い反面、以下のような欠点もある。
大規模な離着陸施設が必要
飛行機は一般に飛行船やヘリコプターと異なり、長い滑走路と大規模な離着陸支援設備と安全な空域を備えた空港・飛行場を必要とする。大型機が離着陸できる空港を建設するには、広大な土地と莫大な投資が必要で、自然環境の破壊や景観への悪影響が伴う。後述の騒音の問題もあり、日本では大空港の新設に当たっては都心から遠く離れるとともに、建設コストの高い埋立地（人工島）に立地せざるを得なくなっている。空港へのアクセスに時間がかかることが短距離の輸送に飛行機が用いられない理由の一つでもある。
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エネルギー効率が悪い
他の交通機関、特に鉄道や船（船舶）と比較すると、エネルギー効率（燃費）が著しく悪い。運航費に占める燃料費の割合が高く、燃料の価格変動が航空会社の経営に大きな影響を与える。燃料価格が急激に上昇した場合、その差額を燃油サーチャージ（燃油特別付加運賃）として運賃に上乗せされる場合もある。有効積載量のかなりの割合を燃料が占める点でも効率が悪い。長距離国際線の場合、離陸時の重量のほとんどは燃料といっても過言ではない。そのため速達性を要しない物資の運搬には航空機は用いられない。